唐開元年間，唐玄宗病中夢見一小鬼盜走玉笛以及楊貴妃的繡香囊。玄宗大怒，忽見一大鬼奔進殿來。此鬼蓬發髯，面目可怖，頭係角帶，身穿藍袍，皮革裹足，袒露一臂，一伸手便抓住那個小鬼，剜出眼珠後一口吞了下去。玄宗駭極，忙問是誰?大鬼向玄宗施禮，自稱是終南山鍾馗，高祖武德年間，因赴長安應武舉不第，羞歸故里，觸殿前階石而死。幸蒙高祖賜袍葬之，遂銘感在心，誓替大唐除盡妖魅。唐玄宗醒後，病也霍然而愈。玄宗令畫家吳道子按其夢中所見畫一幅鍾馗圖。圖成，玄宗在畫上批曰：“靈祇應夢，厥疾全瘳，烈士除妖，實須稱獎；因圖異狀，頒顯有司，歲暮驅除，可宜遍識，以祛邪魅，益靜妖氛。乃告天下，悉令知委。”有司奉旨，將吳道子《鍾馗捉鬼圖》鏤板印刷，廣頒天下，讓世人皆知鍾馗的神威。
這段故事就是人們所熟知的鍾馗的來歷，版本來自明朝人所引的《唐逸史》。後來的《平鬼傳》等小説，更是將鍾馗“相貌奇醜”這一標誌性特點發展為“鍾馗便因貌醜而被唐德宗嫌棄，未能高中狀元，憤而自殺”的情節。因此，唐代是否已有這個故事流傳並不一定。但是皇帝賜給大臣鍾馗畫像作為新年禮物，的確是盛唐以來的慣例，如開元時的名人張説及其後的劉禹錫等，都有謝賜鍾馗圖的作品傳世。另外，人們還在敦煌遺書中發現了唐寫本《除夕鍾馗驅儺文》，是為鍾馗已在大儺儀中扮演主角的實證。所以，也有人估計鍾馗故事的起源可能早于唐代。
對於玄宗夢鍾馗的故事，北宋沈括已經提出質疑。他在《夢溪筆談》之《補筆談》中説，宋仁宗皇祐年間，金陵上元縣曾發現一處古冢，乃南朝宋征西將軍宗母鄭夫人墓，由碑文可知，宗有妹名叫鍾馗。此外，後魏有李鍾馗，隋將有喬鍾馗、楊鍾馗。因知“鍾馗之名從來亦遠矣，非起自開元之時”。
明人郎瑛、胡應麟等多從其説，但結論有別。郎瑛認為鍾馗的原型就是北朝人堯暄，其人本名鐘葵，字辟邪，“馗”乃“葵”字訛傳，由於他表字“辟邪”，所以後人才附會出捉鬼的故事。胡應麟提出，鍾馗捉鬼的傳説“蓋自六朝之前固已有之”，所以堯暄曾取名鐘葵而字辟邪，南北朝時名叫鍾馗的人很多，可能都取義於此。
明楊慎和清顧炎武、趙翼等根據《周禮考工記》“大圭，長三尺，終葵首”、《方言》“齊人謂椎為終葵”等資料，認為所謂鍾馗係由“終葵”演變而來。“終葵”是一種利器──椎，“大圭”是古時天子的儀仗，上端形狀像椎，故雲“大圭終葵首”。齊人説話遲緩，把“椎”的發音拖成了兩個音節，乃成“終葵”。古人以椎為作戰的利器，故《後漢書馬融傳》中有“終葵，揚關斧”的描繪。“蓋古人以椎逐鬼，若大儺之為耳”(《日知錄》卷三十二《終葵》)。南北朝時許多人取名鐘葵或鍾馗，是希望像古人用以刺鬼的武器終葵那樣，令所有的鬼魅望而生畏，這種意義到了唐代最終演變為人格化的“鍾馗”。近年來隨著秦漢文書大量出土，古代盛行以椎擊鬼的事實已被證明。如秦簡《日書詰篇》雲，人被哀鬼纏上，可“以棘椎、桃秉(柄)以敲其心，則不來”；西漢帛書《五十二病方》也記有用鐵椎擊鬼治病的法術。故有人認為顧炎武對鍾馗起源的解釋是可信的。
關於鍾馗，今人也有不少獨到的研究。不過綜觀古今諸人的見解，應該説諸説並立，鍾馗之由來仍然還是中國民俗文化史上的一個大謎。